O Autor da Peregrinação e a sua obra confundem - se à primeira vista: Fernão Mendes Pinto é para nós o herói da Peregrinação. Mas não deve esquecer-se que o Fernão Mendes da peregrinação é uma criação literária do Autor do livro. Se não houvesse documentos a autenticar a existência de Fernão Mendes Pinto nada nos garantiria que este não fosse uma pura personagem de romance, como o Guzmán de Alfarache de Mateo Alemán.

(...) Os padres jesuítas do Oriente são as únicas testemunhas que a seu respeito depõem. Da correspondência destes padres com os irmãos de Portugal e com o Geral da Companhia (à data o próprio P.e Inácio de Loyola) depreende-se que Fernão Mendes Pinto, natural de Montemor, era em 1554 um traficante que ganhara muitas riquezas navegando entre o Japão, a China e o Pegú, durante longos anos. Numa das suas viagens ao Japão conheceu o Padre Francisco Xavier e emprestou-lhe dinheiro para a construção de uma igreja. Nesse ano de 1554, estando para sair de Goa para Portugal, assistiu à chegada do corpo do missionário, entretanto falecido, cuja vista despertou nele o desejo de se consagrar à evangelização dos nipões. Convenceu os padres a empreenderem uma missão, ao Japão, entrou na Companhia, deu a maior parte da sua fortuna para financiar o empreendimento. Os padres elogiam o seu fervor religioso, que se manifesta, por exemplo, quando na viagem para o Japão, ao tocar em Malaca, se apresenta pobremente vestido, mendigando de porta em porta esmola para o hospital (...). Dentro da missão, a função de Fernão Mendes Pinto era facilitar, com os seus conhecimentos, a penetração dos Jesuítas no Japão (...).

Dos documentos da Companhia resulta também que no final da sua missão Fernão Mendes Pinto conseguiu ser dispensado dos votos e readquirir a sua liberdade, sem, no entanto se incompatibilizar com os Padres. O seu nome passou a ser omitido em todas as publicações da Companhia depois de 1556, e, ou porque de moto próprio ele o silenciasse ou porque o livro tivesse sido amputado por iniciativa dos Jesuítas, nada transparece na Peregrinação da passagem do seu Autor pela Companhia.

Voltando do Japão a Goa e de Goa a Lisboa em 1557, Fernão Mendes fixou-se numa quinta no Pragal, perto de Almada e requereu uma tença como prémio dos seus serviços no Oriente. Esta foi-lhe concedida em carta de Janeiro de 1583. Mas logo em 8 de Julho seguinte falecia, segundo diz no seu Ano Histórico Fr. Francisco de Sta. Maria.